En 1999, se inicia el desarrollo del primer Proceso dentro del Sistema de Gestión de Calidad, basado en la Norma UNE-EN ISO, el Departamento elige para ello el Proceso de la detención, es decir el conjunto de actividades que giran alrededor de una detención y de la persona detenida. Para ello se toma como base la Instrucción 29 del Viceconsejero de Seguridad a la que se le aplican los requisitos de la norma, además de compromisos y recomendaciones de diversos organismos e instituciones como Ararteko, Emakunde, Osakidetza, etc.
1999-2000: Se analizan y trabajan los distintos aspectos de la normativa ISO para dar cumpliemiento a los requisitos establecidos en la norma, se define la Política de la Calidad, el manual de calidad, los diferentes procedimientos e instrucciones operativas, etc. De la misma manera, se trabaja para abordar las necesidades detectadas a nivel informático y otras.
2001: Difusión e implantación del Sistema en la Comisaría de Bilbao que se toma como Unidad piloto. A lo largo del año se observan y se da solución a los problemas. Se realizan las primeras auditorias Internas, se pone en marcha el Plan de control y la revisión del Sistema.
2002 primer semestre: Transcurridos los plazos establecidos y observada la adecuada implantación del Sistema, se solicita la Certificación a la empresa certificadora AENOR.
2002 diciembre: AENOR CERTIFICA el Sistema de Calidad para el proceso de la detención en la Comisaría de Bilbao, bajo la norma ISO 9001: 1994.
2003: Año de implantación del sistema para las personas detenidas en las Comisarías de Vitoria-Gasteiz y Donostia-San Sebastián.
2003: Se adapta el modelo a la nueva norma ISO 9001:2000 y se renueva la certificación.
2004: El Sistema de Calidad para el Proceso de la detención se difunde e implanta en todas las Comisarías y las Unidades de Tráfico. Un total de 30 unidades asumen el Sistema.
2005: Se inicia el desarrollo de nuevos procesos bajo la norma ISO, las actuaciones sobre violencia domestica y de género, las actividades de la Unidad de explosivos. Resaltar que la Polica Cientifica además de desarrollar varios procesos bajo la norma general 9001:2000, centra sus esfuerzos en la Acreditación por el organismo ENAC bajo la norma 17025:2005 diferentes procesos (ADN en genética forencse, dactiloscopia en identificación de personas), norma específica para trabajos en laboratorio.
2006-2007: Desarrollados los procesos citados se difunden e implantan. Se realizan las auditorias internas correspondientes y se solicita a AENOR la certificación de los nuevos procesos implantados en la norma 9001:2000 y a ENAC la Acreditacíon de los correspondientes a la norma 17025.
2008: En abril se certifican por AENOR los procesos sobre actividades de violencia doméstica y de género, las actuaciones de UDE y la reseña fisonómica de UPC. En septiembre se acreditan los laboratorios de UPC, en los procesos ya señalados.
2008: Se inicia el trabajo para seguir desarrollando el Sistema de Gestión de la Calidad con nuevos procesos bajo la norma ISO en Unidades como Brigada móvil, caninos, etc, y la ampliación de la Acreditación a otros procesos de la UPC. Asimismo se introduce la Sistemática de trabajo "5S" y procedimientos de "orden y limpieza" en numerosas unidades. También se vienen desarrollando diferentes "cartas de servicio" con el fin de mejorar la atención al ciudadano en su relación con la Ertzaintza, recogida de denuncias, seguridad vial, etc.